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O FNDCT foi criado com o objetivo de apoiar financeiramente programas e projetos prioritários nacionais de desenvolvimento científico e tecnológico .
A partir da década de 1970, o fundo tornou-se o mais importante instrumento de financiamento para implantação e consolidação institucional da pesquisa e da pós-graduação nas universidades brasileiras e de expansão do sistema de ciência e tecnologia nacional.
Desde então, variados projetos, com uma gama diversificada de temas, têm sido apoiados pelo FNDCT.
Segue abaixo, um link da Finep, em que podem ser observados execuções orçamentárias e financeiras relativas as ações apoiadas pelo FNDCT.